En una rueda de prensa el 10 de septiembre de 2001, insinuó su reaparición, pero negó los rumores sobre su vuelta el mes anterior. El 25 de septiembre, anunció su segunda vuelta a la NBA, además de afirmar que donaría su sueldo a las víctimas del atentado del 11 de septiembre.59.60. Aunque físicamente no era el mismo de antaño y pese a las lesiones que lo limitaron continuamente durante la temporada, los promedios de Jordan no fueron nada malos: 22,9 puntos por partido, 5,2 asistencias, 5,7 rebotes y 1,42 robos de balón, liderando a los jóvenes Wizards a un paso de disputar la postemporada a pesar del flojo equipo con el que contaban. Además, los 41 partidos disputados por Jordan en el MCI Center fueron un lleno absoluto, así como en cada pabellón durante los dos años que vistió la camiseta de los Wizards. También ayudó a una formidable racha de nueve partidos consecutivos ganados, desde el 6 de diciembre al 26 del mismo mes, y durante un breve tiempo se habló de él como candidato al MVP. El 29 de diciembre anotó 51 puntos en la victoria ante Charlotte Hornets en casa. Debido a las lesiones, solo pudo jugar 60 de los 82 encuentros de la temporada regular. Tras jugar su 14.º All-Star Game, superó a Kareem Abdul-Jabbar en la tabla de anotadores en la historia del All-Star. La temporada 2002-03 fue anunciada desde el principio como la última y definitiva, esta vez sí, de Michael Jordan, y no decepcionó. Esa campaña fue el único jugador de Washington en disputar todos los encuentros de la temporada regular, siendo titular en 67 de ellos. Promedió 20,0 puntos, 6,1 rebotes, 3,8 asistencias y 1,5 robos por partido. A la edad de 40 años, anotó 20 o más puntos en 42 ocasiones, 30 o más en nueve, y 40 o más en tres.